分子和原子是化学中重要的概念，它们有以下区别：

1. 组成单位：原子是化学中的基本单位，是构成所有物质的最小粒子。一个原子由带有正电荷的质子、带有负电荷的电子和中性的中子组成。分子是由两个或更多个原子通过化学键连接在一起形成的，它是物质中更大的单元。

2. 性质：原子根据其原子核中的质子数（元素的原子序数），具有特定的化学和物理性质。分子则根据其组成原子的种类、数量和连接方式，具有不同的化学性质，包括分子式、分子量和结构。

3. 表示方法：原子可用元素符号表示，例如氢气的原子是H，氧气的原子是O。分子则可以用分子式表示，例如氢气的分子式是H2，水的分子式是H2O。

4. 大小：原子在纳米尺度范围内，通常直径约为数个皮秒米（10^-10 m），分子则会更大，它的大小取决于其中包含的原子数量和种类。

5. 化学键：原子之间通过化学键连接形成分子。这些化学键可以是共价键、离子键或金属键等，连接的方式决定了分子的结构和性质。

总体而言原子是物质的基本单位，而分子由原子通过化学键连接而成。原子决定了元素的性质，而分子则决定了化合物的性质。