中国健康教育中心的前身“中国健康教育研究所”成立于1986年。2001年12月，更名为中国疾病预防控制中心健康教育所。2008年9月更名为中国健康教育中心（卫生部新闻宣传中心），直属卫生部管理；2013年3月，直属国家卫生计生委管理。

中国健康教育中心是中国卫生和计划生育委员会直属事业单位，负责全国健康教育与卫生计生新闻宣传工作的技术指导，开展相关理论与实践的研究，承担全国健康教育与卫生计生新闻宣传大型活动的组织实施及信息管理、媒体联系、业务培训等有关技术和服务性工作。