南京农业大学的王牌专业，根据教育部第四次学科评估，获得A+的学科为全国最好的学科，可称为王牌。所以南京农业大学A+学科有5个，分别是：农业资源与环境、植物保护、农学、种子科学与工程、农林经济管理，所以这5个A+专业是南京农业大学的王牌专业。