它是细胞核和细胞质之间大部分物质交换的通道，如信使RNA可能通过核孔进入细胞质中。核孔的数目也因细胞种类及代谢状况不同而有差别，转录活性低或不转录的细胞中，核孔复合体是一种特殊的跨膜运输蛋白复合体，并且是一个双功能、双向性的亲水性核质交换通道，双功能表现在它有两种运输方式：被动扩散与主动运输；双向性表现在既介导蛋白质的入核转运，又介导RNA、核糖核蛋白颗粒（RNP）的出核转运。